Quyết định số 382 của Bộ Tài chính quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Cục Hải quan có hiệu lực thi hành từ ngày 1/3/2025.
Theo đó, Cục Hải quan được tổ chức từ Trung ương đến địa phương theo mô hình 3 cấp, gồm 12 đơn vị tại Trung ương, 20 chi cục hải quan khu vực, 165 hải quan cửa khẩu/ngoài cửa khẩu.
Mỗi chi cục hải quan khu vực được tổ chức bình quân không quá 8 văn phòng/phòng/đội nghiệp vụ. Bên cạnh một số chi cục hải quan khu vực có địa bàn quản lý trong phạm vi 1 tỉnh/thành phố (như Chi cục Hải quan khu vực II quản lý địa bàn TPHCM, Chi cục Hải quan khu vực VIII quản lý địa bàn tỉnh Quảng Ninh, Chi cục Hải quan khu vực XVIII quản lý địa bàn tỉnh Đồng Nai), thì có chi cục quản lý địa bàn của 7 tỉnh/thành phố (Chi cục Hải quan khu vực XIX quản lý địa bàn các tỉnh Cần Thơ, Cà Mau, Hậu Giang, Vĩnh Long, Trà Vinh, Sóc Trăng, Bạc Liêu).
Hải quan cửa khẩu/ngoài cửa khẩu không tổ chức các đơn vị bên trong, làm việc theo chế độ chuyên viên.
Các chi cục hải quan khu vực, các đội thuộc chi cục hải quan khu vực và hải quan cửa khẩu/ngoài cửa khẩu trực thuộc chi cục hải quan khu vực có tư cách pháp nhân, con dấu, được mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước theo quy định của pháp luật.
* Danh sách 20 Chi cục Hải quan khu vực
| STT | Tên đơn vị | Địa bàn quản lý | Trụ sở chính |
| 1 | Chi cục Hải quan khu vực I | Hà Nội, Vĩnh Phúc, Phú Thọ, Hòa Bình, Yên Bái | Hà Nội |
| 2 | Chi cục Hải quan khu vực II | Thành phố Hồ Chí Minh | Thành phố Hồ Chí Minh |
| 3 | Chi cục Hải quan khu vực III | Hải Phòng, Thái Bình | Hải Phòng |
| 4 | Chi cục Hải quan khu vực IV | Hưng Yên, Hải Dương, Hà Nam, Nam Định | Hưng Yên |
| 5 | Chi cục Hải quan khu vực V | Bắc Ninh, Bắc Giang, Tuyên Quang, Thái Nguyên, Bắc Kạn | Bắc Ninh |
| 6 | Chi cục Hải quan khu vực VI | Lạng Sơn, Cao Bằng | Lạng Sơn |
| 7 | Chi cục Hải quan khu vực VII | Hà Giang, Lào Cai, Điện Biên, Lai Châu, Sơn La | Lào Cai |
| 8 | Chi cục Hải quan khu vực VIII | Quảng Ninh | Quảng Ninh |
| 9 | Chi cục Hải quan khu vực IX | Quảng Bình, Quảng Trị, Huế | Quảng Bình |
| 10 | Chi cục Hải quan khu vực X | Thanh Hóa, Ninh Bình | Thanh Hóa |
| 11 | Chi cục Hải quan khu vực XI | Nghệ An, Hà Tĩnh | Hà Tĩnh |
| 12 | Chi cục Hải quan khu vực XII | Đà Nẵng, Quảng Nam, Quảng Ngãi | Đà Nẵng |
| 13 | Chi cục Hải quan khu vực XIII | Khánh Hòa, Ninh Thuận, Bình Định, Phú Yên | Khánh Hòa |
| 14 | Chi cục Hải quan khu vực XIV | Gia Lai, Kon Tum, Đắk Lắk, Đắk Nông, Lâm Đồng | Đắk Lắk |
| 15 | Chi cục Hải quan khu vực XV | Bình Thuận, Bà Rịa – Vũng Tàu | Bà Rịa – Vũng Tàu |
| 16 | Chi cục Hải quan khu vực XVI | Bình Dương, Bình Phước, Tây Ninh | Bình Dương |
| 17 | Chi cục Hải quan khu vực XVII | Long An, Bến Tre, Tiền Giang | Long An |
| 18 | Chi cục Hải quan khu vực XVIII | Đồng Nai | Đồng Nai |
| 19 | Chi cục Hải quan khu vực XIX | Cần Thơ, Cà Mau, Hậu Giang, Vĩnh Long, Trà Vinh, Sóc Trăng, Bạc Liêu | Cần Thơ |
| 20 | Chi cục Hải quan khu vực XX | Đồng Tháp, An Giang, Kiên Giang | Đồng Tháp |
